This works fine.
## seed を固定する。無いとビルドのたびに図が変わり、docs/ の差分が
## 毎回出てしまう (ウィジェットの id はどのみち毎回変わるが、
## 中身まで変える理由は無い)。
set.seed(2013)
x <- sort(rnorm(1000))
y <- rnorm(1000)
z <- rnorm(1000) + atan2(x, y)
plot3d(x, y, z, col = rainbow(1000))
This one also works.
open3d()
## null
## 4
spheres3d(x, y, z, col = rainbow(1000), radius = 0.05)